En compagnie de Sasuke et Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des Ninjas du village caché de Konoha, poursuit son apprentissage. Alors que l'épreuve finale de l'examen de sélection des Ninjas de " moyenne classe " bat son plein, Orochimaru, ancien Ninja de Konoha de venu renégat, lance l'assaut sur le village... Maître Hokage se sacrifie pour faire avorter ses plans. Il sera remplacé par Tsunade qui devient ainsi le 5e Hokage.
Sasuke, séduit par le pouvoir que lui offre Orochimaru, décide alors de quitter Konoha pour suivre les envoyés du village du son. Naruto le rattrape et les deux amis se livrent un terrible combat. Hélas, rien ne peut empêcher la défection de Sasuke.