La vie d'Usagi est bouleversée depuis qu'a débarqué une mystérieuse petite fille, surnommée Chibiusa, qui veut lui voler son cristal d'argent. Parallèlement, les Sailors se font enlever les une après les autres par de nouveaux adversaires se réclamant de la secte Black Moon. Mais d'où viennent ces ennemis ? Que veulent-ils ? Et ont-ils un rapport avec Chibiusa ? Alors qu'Usagi tente d'en savoir plus sur la jeune inconnue, elle apprend qu'elle appartient au 30e siècle et qu'elle est venue chercher de l'aide dans le passé ! Sailor Moon, Sailor Venus et Tuxedo Mask entreprennent alors un voyage dans le futur afin d'élucider les mystères qui planent sur cette affaire.