Sept ans après la disparition de son célèbre père, Lara Croft, 21 ans, refuse de prendre la direction de l'entreprise familiale et gagne sa vie en tant que coursière à vélo à Londres. Mais, un jour, Lara hérite d'un artefact de son père et y trouve la clé pour accéder à une pièce secrète conservant les secrets de ce dernier. Elle découvre une vidéo dans laquelle son père avoue avoir découvert un tombeau, la Mère de la Mort, où est enterrée la reine Himiko sur l'île du Yamatai au sud du Japon et en plein c ur de la mer du Diable. Sur cette île, une organisation qui se fait appeler la Trinité cherche le tombeau et pourrait donc mettre le monde en danger. Accompagnée du capitaine Lu Ren, Lara décide de partir enquêter pour empêcher que le tombeau soit découvert par la Trinité. Mais l'expédition va vite basculer en tragédie et se transformer en lutte pour survivre...