Une Super Sister, ça ne fait pas que sauver le monde, ça va aussi à l'école ! Mais comment apprendre ses leçons lorsqu'un camarade de classe se transforme en monstre destructeur ? Toujours prêtes à résoudre les problèmes – et sans tricher, en plus – Super Wendy et Super Marine se lancent à la recherche du Super Vilain qui se cache derrière tout ça. Les indices les conduisent directement sur la piste de leur vieille ennemie, la génie du crime Shal Kashmir.
Cette dernière a trouvé le moyen de cloner nos héroïnes afin de se débarrasser d'elles. En effet, qui dans l'univers pourrait être capable de battre les Super Sisters tout en se disputant autant qu'elles sinon leurs propres clones ?